Vài tuần trước khi chết, Brian phải để tang Shiv'ah theo lễ truyền thống của người Do Thái cho cha của anh cũng vừa qua đời. Anh rời Priory với việc thường xuyên mất ngủ và lạm dụng amphetamin[118]. Epstein có buổi gặp cuối cùng với The Beatles vào ngày 23 tháng 8 năm 1967 tại Chappell Recording Studios phố Maddox, Luân Đôn[119].

Ngày 24 tháng 8, Epstein đề nghị với Brown và Geoffrey Ellis đi Kingsley Hill, cách 30 km tính từ Luân Đôn, cho một chuyến nghỉ cuối tuần. Sau chuyến đi, Epstein quay trở lại Luân Đôn một mình vì một nhóm trai đã không thể tới gặp anh[120]. Anh gọi điện cho Brown từ nhà riêng ở phố Chapel. Brown khuyên Epstein bắt chuyến tàu gần nhất ở Uckfield. Brian trả lời rằng anh sẽ ăn chút gì đó, đọc Juke Box Jury trước khi nói với Peter rằng anh sẽ đi chuyến tàu nào. Họ không nói chuyện với nhau được bất cứ một lần nào nữa[120].

Ngày 27 tháng 8, Brian bị phát hiện chết do sốc thuốc khi sử dụng carbitral và barbiturate[120][gc 6]. Cửa phòng bị khóa. Quản gia của anh gõ cửa nhiều lần và không nghe tiếng trả lời[122] vậy nên đã gọi cảnh sát tới để cầu cứu[72]. Brian nằm một mình trên giường với pyjama, song vô số quần áo khác vứt la liệt trên chiếc giường còn lại. Sau khi khám xét hiện trường, cái chết của Epstein được kết luận là một tai nạn vì sử dụng carbitral quá liều khi pha với rượu[122]: Brian đã pha 6 viên carbitral vào ly rượu, một chừng mực có thể được phép sử dụng song đối với anh nó đã là quá giới hạn cho phép[120].

The Beatles lúc đó đang ở Bangor với thiền sư Maharishi Mahesh Yogi. Ban đầu Epstein cũng đồng ý đi Ấn Độ với The Beatles sau kỳ nghỉ tháng 8[123][124]. The Beatles bị sốc thực sự và nói chuyện với Maharishi. Maharishi trả lời "mất sợi dây liên lạc với thế giới thực tại, đó không hẳn là một điều quá quan trọng"[125]. Một buổi hòa nhạc của Jimi Hendrix tại nhà hát Saville của nhà Epstein bị huỷ bỏ ngay chiều hôm tin tức về cái chết của Brian được đưa lên[123].

Peter Brown viết trong cuốn hồi ký The Love You Make: An Insider's Story of The Beatles rằng ông từng đọc được về ý định tự sát của Epstein trong một cuốn sổ và khuyên anh bỏ suy nghĩ đó. Theo Brown đó là câu "Mọi thứ thật quá nặng nề và tôi không thể chịu được nữa". Biết được điều đó, Epstein nói cảm ơn với Brown, hứa sẽ từ bỏ ý định đó và xin lỗi vì làm Brown lo lắng. Brian nói anh dùng thuốc khá nhiều và cần phải cẩn thận vì dễ bị sốc. Peter nói anh thực sự tiếc vì đã không đưa cuốn sổ đó cho bác sĩ của Brian, Norman Cowan[126].

The Beatles không tới dự tang lễ của Epstein khi gia đình anh không muốn bị quấy rầy bởi truyền thông và người hâm mộ[48]. Brian được chôn tại khu A, vị trí H12 tại Nghĩa địa người Do Thái Long Lane, Aintree, Liverpool[127]. Tang lễ được cử hành bởi Norman Solomon, người nói anh là "một biểu tượng khó chịu của thế hệ"[128]. Tới tận ngày 17 tháng 10, The Beatles mới tham dự một buổi tưởng niệm Epstein tại St John's Wood, gần Abbey Road Studios[48].